Cychwynnodd Rhyfel Cartref Tajicistan (1992–97) yn fuan wedi i'r wlad honno ennill ei hannibyniaeth ym mis Medi 1991 yn sgil diddymu'r Undeb Sofietaidd.
Enillodd y comiwnydd Rahman Nabiyev etholiad arlywyddol yn Nhachwedd 1991 gan ddiflasu Islamyddion a democratiaid ar draws y wlad. Ym Mawrth 1992 bu gwrthdystiadau tresigar yn y brifddinas Dushanbe. Yn Ebrill saethodd lluoedd y llywodraeth ar y torfeydd, ac ymledodd terfysgoedd i ddinas Kŭlob yn ne'r wlad, ac i leoedd eraill. Llwyddodd y gwrthryfelwyr i ddymchwel Nabiyev a chipio grym ym mis Medi, ond erbyn Tachwedd 1992 roedd llywodraeth Imomali Rakhmonov mewn grym gyda chefnogaeth lluoedd Rwsiaidd.[1] Tybir hefyd i luoedd Wsbecistanaidd ymyrryd i gefnogi'r comiwnyddion.[2]
Mudodd nifer fawr o'r gwrthryfelwyr Islamaidd a'u cynghreiriaid i Affganistan, gan lansio cyrchoedd ar luoedd Rwsiaidd a Thajicistanaidd o'r wlad honno. Dinistriwyd economi Tajicistan gan y rhyfel, a bu farw 20,000–60,000 o bobl yn y flwyddyn gyntaf. Cafodd 600,000 o bobl (tua 10% o boblogaeth y wlad) eu dadleoli'n fewnol, a wnaeth o leiaf 80,000 ffoi i Affganistan.[3]
Cytunwyd ar gadoediad ym 1994 ac etholwyd Rakhmonov yn arlywydd, ond parhaodd y brwydro'n ysbeidiol am dair mlynedd arall. Daeth y rhyfel i ben ym mis Mehefin 1997 gan gytundeb heddwch a gafodd ei gyflafareddu gan y Cenhedloedd Unedig, Rwsia ac Iran.